南南合作与发展学院的创立构想，于2015年9月26日正式提出。时值联合国成立70周年系列峰会在纽约联合国总部举行，国家主席习近平在纽约出席并主持南南合作圆桌会，提出“中国将设立南南合作与发展学院”，以加大国际间的知识技术分享力度。在商务部、教育部、财政部等多部委的共同努力下，依托北京大学人文社科领域的雄厚实力，北京大学南南合作与发展学院（简称“南南学院”），于2016年4月29日在北京大学正式挂牌成立，由北京大学国家发展研究院承办。2018年，国家国际发展合作署成立，与商务部一起对南南学院进行指导和管理。2017年9月5日，在福建厦门举行的新兴市场国家与发展中国家对话会期间，习近平主席宣布，中国将通过南南合作与发展学院的平台，加强与其他国家在发展方面的经验共享和能力建设的合作。
南南学院立足中国本土知识优势，又兼具国际化的全球视野。南南学院旨在打造全球最具潜力的发展中国家高端人才培养基地，最具吸引力的国家发展研究机构，最具活力的全球治理的交流平台；与其他发展中国家分享国家发展的知识和理念，加强国际合作，促进公平、包容、可持续发展。
南南学院的核心师资力量主要来自北京大学国家发展研究院，北大国发院在学术和政策智库中都享有盛誉。同时，为了有效解决复杂的现实世界问题、制定多学科和可行的解决方案，南南学院还得到了北大其他学院以及相关领域专家（包括高级政府官员）等师资的协同支持，以打造充满活力的跨学科学习环境，并鼓励深入探究、开放对话和跨文化交流，从而搭建理论与实践之间的桥梁。
南南学院设有学位教育项目和非学位培训项目。学位项目的课程设置以经济学为核心，以问题解决为导向，同时涵盖量化分析、政治制度、战略管理、领导力和全球化。
南南学院是北京大学国际化教育的旗舰，课程均用英文讲授，通过课程学习、现地教学，以及内容广泛的政策专题讨论与研究（涉及教育与减贫、人口与健康、社会保障与公共安全、城市规划与土地制度改革、能源与环境、产业进步与技术创新、全球治理与外交政策等），培养学员成为具有综合理论知识、广阔的国际视野、开放的科学思维、致力于国家发展与政策制定的高端管理人才。
